Pagrindinė šio muziejaus LDK Vyriausioje mokykloje (vėliau Universitete - Akademijoje - Universitete - žr. ISTORIJĄ) atsiradimo priežastis – mokomosios bazės praktiniam gyvūnų pažinimui sukūrimas, taigi mokslinių ištakų galima rasti jau XVIII amžiaus pabaigoje-XIX a. pradžioje.
Pirmosiomis rinkinių užuomazgomis galima laikyti Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės didikų kolekcijas dvaruose. Vėliau eksponatai rinkti Vilniaus imperatoriškojo universiteto, Imperatoriškosios Vilniaus Medicinos-chirurgijos akademijos, Vilniaus senienų muziejaus, Stepono Batoro universiteto ir kt. įstaigų darbuotojų dėka.
Dalis eksponatų galimai yra iš Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės Didikų kolekcijų dvaruose: Žygimanto Augusto ar Kristupo II Radvilos (XVI-XVII a.), taip pat iš Vilniaus imperatoriškojo universiteto (Imperatoria Universitas Vilnensis) laikų (XVIII-XIXa.). Didžioji kolekcijos dalis yra iš Vilniaus Senienų muziejaus (1855-1865).