Muziejaus darbuotojai stengiasi užmegzti ryšius su kitais Lietuvos ir užsienio šalių zoologijos muziejais, draugijomis ir mokslininkais, pritraukti kolekcionierius, kad galėtų papildyti zoologinius rinkinius, keistis eksponatais, muziejinių eksponatų saugojimo ir tvarkymo žiniomis bei literatūra. Taip pat Zoologijos muziejaus eksponatai dalyvauja įvairiuose meno projektuose, spektakliuose, parodose ir pan.
2019 vasario 27 d. buvo sutikta bendradarbiauti su Vilniaus Adomo Mickevičiaus Licėjumi. Vasario 27 diena įvyko renginys „Ekologiškai reiškia logiškai“, kuris skatino mokinius atkreipti dėmesį į aplinkosaugos problemas, domėtis jų atsiradimo ir sprendimo būdais. Muziejus sutiko dovanoti nemokamą ekskursiją laimėjusiai komandai.
2016 lapkričio 18 d. sudaryta sutartis su UAB „BVRG“ dėl bendradarbiavimo projekte - Neformalios gamtos pažinimo pamokos „GAMTUKAI“. Projekto metu Lietuvos moksleiviai galės susipažinti su tipiškiausiais Lietuvos bestuburių atstovais (64 vabzdžiais ir 46 moliuskais) mokomojoje mobilioje ekspozicijoje, kurią paruošė VU Zoologijos muziejaus darbuotoja V.Kuznecova.
2008 metais atnaujinta Sutartis su Panevėžio Teritorine Muitine dėl konfiskuotų gyvūnų perdavimo VU Zoologijos muziejui:
2006-01-17 Vilniaus teritorinė muitinė perdavė VU Zoologijos muziejui konfiskuotas prekes – krokodilo kaukolę, dvi kriaukles Strombus gigas, baltos spalvos koralą.
VU Zoologijos muziejuje laikas nuo laiko vyksta apmokymai Muitinės darbuotojams – kaip praktiškai atpažinti ir surasti CITES konvencijai priklausančias rūšis pagal 5 virtualius apibūdintojus (Bird, Butterfly, Sturgeons, Turtle, Croc, Trophy).